Dalla fine del Cinquecento la Confraternita assunse la denominazione di S.S. Trinità dei Pellegrini, dandosi come scopo quello di fornire ospitalità e assistenza ai pellegrini.

Nel Seicento vennero costruiti la sacrestia e il campanile, mentre alla fine del secolo, accanto alla chiesa fu edificata l’aula di riunione dei confratelli, interamente dipinta ad affresco con finte architetture.

La Chiesa conserva altari con sculture e stucchi pregevoli databili intorno al XVIII secolo. Le tele che facevano parte dell’apparato decorativo sono oggi conservate qui al Museo dei Campionissimi; oltre a quelle viste in precedenza vi sono queste due grandi tele di Gio Raffaele Badaracco (“Dio Padre con angeli portacroce” e la “Comunione degli Apostoli”), una “Deposizione” del 1789 ed una “Crocifissione” di Gian Lorenzo Bertolotto.

Sembra che i primi famosi corzetti, piatto tipico novese che consistono in un disco di pasta che recano una incisione con stampo di solito con lo stemma della famiglia e conditi rigorosamente con un sugo di funghi secchi e salsiccia, siano stati realizzati proprio in questo quartiere della Città intorno a questa Chiesa; in alcune case delle vecchie famiglie novesi è facile trovare lo stampo utilizzato per preparare la pasta che raffigura l’occhio della Santissima Trinità.