La Basilica venne edificata tra il XV ed il XVI scolo, per volontà della Compagnia dei Disciplinati della Maddalena. Venne in seguito ristrutturata agli inizi del 1600 dalla Confraternita di Santa Maria Maddalena e del Santissimo Crocefisso.
La facciata della chiesa è piuttosto semplice, e certo non lascia trasparire il grandioso complesso ligneo del Calvario che sovrasta. L’opera venne realizzata da artisti fiamminghi verso la fine del Cinquecento; si tratta di un gruppo scultoreo comprendente 21 figure umane e due cavalli a grandezza naturale. Sullo sfondo un grande affresco rappresenta l´Empìreo con Dio, gli angeli e i santi che accolgono Gesù alla fine dei tormenti.

All'interno della chiesa è conservato un plastico ligneo della Città di Novi ricoperto da una lamina di argento datato 1750; nella nicchia sopra il plastico un'urna raccoglie le ossa di San Prospero, co-Patrono della Città; le reliquie vennero donate da Papa Benedetto XIV a un gruppo di Pellegrini novesi che nel 1750 tra mille peripezie, partiti da Novi raggiunsero dopo un mese Roma per chiedere udienza al Pontefice.